處長
副處長
秘書
企劃科
工務科
管理科
遊憩科
秘書室
人事室
主計室
東引管理站
莒光管理站
北竿管理站
本處組織編制依「國家風景區管理處組織通則」訂定，組織體系為處長、副處長、秘書以下分設企劃、工務、管理、遊憩4科及秘書、人事、會計3室以及北竿、莒光、東引管理站。