現階段包含安全維護、設施維護、整潔維護等管理工作，有關區內各項設施因工程尚未完工，未來將視情形委託民間經營，以增加地區就業機會。
一、安全維護
本處於各遊客中心設置有消防設備，不定時檢視各風景點內含有水域之海濱景點且有潛在危險者，98年底設置警示牌46支及大型水域告示牌6支。定期辦理損害清查與維修工作外，並全面背附設置日期，經111年盤點警告示牌結果，共計158面。
二、公共意外責任險
於馬祖四鄉五島62處據點，投保遊客公共意外責任險，保障遊客之人身安全，對於公共意外事故發生時，由本處責成保險公司理賠意外事故所發生之費用。
三、設施維護
有鑑區域範圍廣大且維修項目繁多，乃採調查各景點所有設施待維護部分，辦理整體維修發包作業，其餘 有立即維修需要或危及遊客之設施損壞皆以個案方式進行維修。
四、整潔維護
本處以委外方式辦理區內之環境清潔維護工作，所承攬廠商依其工作區各自負責其範圍，本處隨時派員抽查，缺失部分請就立即改善。清潔範圍包括各風景據點，如下：
- 南竿鄉：北海坑道、鐵堡、勝天公園、津仁步道、馬祖宗教文化園區。
- 北竿鄉：壁山觀景台及步道、芹壁步道、碧園、戰爭和平紀念公園、尼姑山327觀測所、大坵島、坂里遊憩區。
- 東引鄉：東湧燈塔、烈女義坑、北海坑道、安東坑道、東海雄風等。
- 莒光鄉：大埔石刻、大砲連及47據點觀景平台等。