馬祖列島自民國81年戰地政務解除，島上經濟結構改變，面臨轉型 之際，政府相關部門有鑑於列島深具觀光發展潛力，遂成於88年成立本處，89年12月本處初步完成馬祖風景特定區觀光整體發展計畫，在歷經「馬祖四年建設計畫（90至93年）」之觀光主題定調與「馬祖離島旅遊線計畫（92至96年）」揭櫫重點遊憩區發展後，進行開發建設及資源保育工作 與辦理全區或區域性規劃與據點規劃，另亦辦理經營管理研究、自然資源保育研究及人文資源調查研究等項（參見表一），囿於專業人力之不足，研究工作多以委託 專業單位方式辦理。
表一 歷年委託研究報告及成果
| 期程 | 類別 | 計畫名稱 |
|---|---|---|
| 89年 | 全區性規劃 | 馬祖風景特定區觀光整體發展計畫 |
| 馬祖風景特定區南、北竿各「近岸遊憩區」海域調查工作 | ||
| 馬祖風景特定區坑道再利用規劃及初步設計 | ||
| 據點規劃 | 馬祖風景特定區坂里遊憩區整體規劃及初步設計（含北海坑道） | |
| 自然資源調查研究 | 馬祖風景特定區海濱生物資源調查與保育研究 | |
| 人文資源調查研究 | 馬祖風景特定區人文、史蹟及聚落消長史調查研究 | |
| 解說活動規劃 | 馬祖風景特定區解說導覽系統規劃設計 | |
| 90年 | 據點規劃 | 津沙閩東聚落保存區再發展規劃與細部設計 |
| 北海坑道整建工程細部設計 | ||
| 解說活動規劃 | 馬祖風景特定區遊憩解說活動規劃設計 | |
| 景觀規劃 | 馬祖地區建築景觀改善及設施設計手冊 | |
| 91年 | 據點規劃 | 南竿北海坑道附近海域測量及調查分析 |
| 福正、大埔閩東聚落保存區再利用規劃與細部設計 | ||
| 南竿山隴及北竿塘岐特色商圈整體規劃與細部設計 | ||
| 92年 | 據點規劃 | 馬祖戰爭和平紀念公園整體規劃與初步設計 |
| 南竿北海遊憩區整體規劃與第一期工程細部設計 | ||
| 92年 | 據點規劃 | 北竿鄉大澳山地形圖製作案 |
| 93年 | 景觀規劃 | 馬祖國家風景區整體景觀經營管理規劃 |
| 遊憩規劃 | 馬祖地區近岸海域遊憩活動調查規劃 | |
| 94年 | 人文景觀規劃 | 馬祖地區閩東傳統建築聚落保存計劃整體規劃暨可行性研究 |
| 遊憩規劃 | 馬祖國家風景區遊客意向調查暨遊客人次推估模式建立之研 究 | |
| 95年 | 人文景觀規劃 | 馬祖地區傳統聚落地形地物測量暨資料庫建置案 |
| 96年 | 可行性評估 | 馬祖重點觀光區前置招商作業顧問案 |
| 97年 | 經營管理研究 | 馬祖國家風景區公共設施管理暨資訊系統建置案 |
| 98年 | 據點規劃 | 西莒地區先期規劃案 |
| 99年 | 自然資源調查研究 | 馬祖地區原生植栽規劃設計技術服務 |
| 區域性規劃 | 媽祖宗教文化園區整體規劃設計技術服務案 | |
| 100年 | 據點規劃 | 戰爭和平紀念公園軍事據點整體空間規劃設計暨主題陳展技術服務案 |
| 馬祖南竿大北海軍事營區地形測量技術服務案 | ||
| 遊憩規劃 | 馬祖地區目的地意象與遊客行為意向調查暨遊客人次推估模式檢討案 | |
| 101年 | 全區性規劃 | 馬祖國家風景區觀光整體發展計畫暨大北海遊憩區規劃設計服務案 |
| 自然資源調查研究 | 馬祖國家風景區生態旅遊策略規劃建置案--地質及植物部分 | |
| 行銷規劃 | 媽祖在馬祖創意行銷策略規劃案 | |
| 101年 | 區域規劃 | 南竿四維生態渡假園區及周邊地區變更都市計畫委託技術服務案 |
| 102年 | 自然資源調查研究 | 馬祖地質公園觀光亮點推動計畫案 |
| 103年 | 全區性規劃 | 南竿觀光旅館及購物中心用地選址及營運可行性評估規劃案 |
| 自然資源調查研究 | 馬祖地質公園永續推動計畫案 | |
|
104年 |
區域性規劃 | 馬祖國家風景區東莒地區整體景觀規劃案 |
| 104 年 | 遊憩規劃 | 馬祖地質公園國際旅遊意象營造計畫 |
| 105年 | 據點規劃/先期規劃 | 連江縣南竿鄉及莒光鄉服務設施營運移轉評估委託專業服務案 |
| 105年 | 據點規劃 | 馬祖國家風景區北竿地區整體景觀規劃案 |
| 105年 | 據點規劃 | 連江縣南竿鄉四維生態渡假園區興建營運移轉招商委託專業服務案 |
| 105年 | 區域規劃 | 馬祖地質公園資源整合暨經營管理計畫建置案 |
| 106年 | 自然資源調查研究 | 106年馬祖地區近岸遊憩區海域調查工作 |
| 遊憩規劃 | 106年體驗觀光．點亮村落-東莒地區專業服務案 | |
| 區域規劃 | 馬祖地質公園經營管理暨永續發展計畫 | |
| 107年 | 區域規劃/遊憩規劃 | 馬祖北竿鄉大坵島觀光旅遊發展計畫 |
| 區域規劃/遊憩規劃 | 馬祖體驗觀光海灣旅遊年多元深耕計畫(芹定北竿.漫遊莒光) | |
| 區域規劃 | 馬祖地質公園指定推動宣傳計畫 | |
| 108年 | 遊憩規劃 | 馬祖開放觀光25周年暨馬祖國家風景區管理處成立20周年成果展專業服務案 |
| 區域規劃 | 馬祖地質公園展示間活化方案 | |
| 區域規劃 | 馬祖地質公園永續經營計畫 | |
| 區域規劃 | 北海遊憩區整體規劃與開發委託案 | |
| 109年 | 區域規劃 | 109馬祖南竿環境教育學堂活化推廣案 |
| 區域規劃/遊憩規劃 | 109年馬祖東莒島體驗觀光計畫 | |
| 全區性規劃 | 109年馬祖地區目的地意象與遊客行為意向調查暨遊客人次推估委託專業服務案 | |
| 區域規劃 | 南竿機39土地及四維生態度假園區招商座談會 | |
| 區域規劃/遊憩規劃 | 馬祖暗空公園及星空解說培訓課程規劃委託專業服務案 | |
| 區域規劃 | 馬祖地質公園在地深耕推展計畫 | |
| 區域規劃 | 馬管處行政中心、地質公園故事館用地規劃、初步設計及都市計畫變更委託技術服務案 | |
| 110年 | 區域規劃/遊憩規劃 | 110年馬祖國際暗空公園推動計畫委託專業服務案 |
| 區域規劃 | 110年馬祖地質公園在地深耕推展計畫Ⅱ | |
| 遊憩規劃 | 110年馬祖地區觀光發展產業聯盟啟動計畫案 | |
| 111年 | 區域規劃/遊憩規劃 | 111年度「東莒fun卡蹓~體驗觀光．點亮村落」計畫 |
| 區域規劃/遊憩規劃 | 111年馬祖暗空觀光推廣計畫 | |
| 區域規劃 | 111年馬祖地質公園深耕及經營管理計畫案 | |
| 遊憩規劃 | 111年馬祖食宿輔導管理品質升級暨行銷策略研究計畫 | |
| 全區性規劃/遊憩規劃 | 111年馬祖觀光遊程及品牌行銷計畫 | |
| 全區性規劃/遊憩規劃 | 111年觀光創業Plus專案輔導課程計畫 | |
| 全區性規劃/遊憩規劃 | 111年觀光資源及數位整合計畫 | |
| 遊憩規劃 | 馬祖疫後郵輪觀光發展計畫暨行銷策略研究案 | |
| 112年 | 區域規劃 | 馬祖國家風景區莒光地區整體景觀規劃案 |
| 區域規劃 | 馬祖國家風景區東引地區整體景觀規劃暨都市計畫變更委託技術服務案 | |
| 區域規劃 | 南竿山隴白馬尊王宗教遊憩園區初步景觀規劃案 | |
| 區域規劃 | 馬祖南竿官帽山地質景觀區生態人文調查及環境管理維護計畫 | |
| 全區性規劃/遊憩規劃 | 112年馬祖環境教育及生態旅遊推廣計畫 | |
| 全區性規劃/遊憩規劃 | 112年馬祖觀光圈行銷推廣案 | |
| 全區性規劃/遊憩規劃 | 112年馬祖觀光圈產業創新及亮點提升計畫 |