處長
副處長
秘書
技正
企劃科
工務科
管理科
遊憩科
秘書室
人事室
主計室
七股管理站
布袋管理站
雲嘉南國家風景區管理處組織編制為處長、副處長、秘書、技正，之下設企劃、遊憩、工務、管理等四科；秘書、人事、主計室及七股、布袋管理站。