為維護此彌足珍貴之觀光資源與自然生態體系，同時拓展國民旅遊空間，加速東部地區觀光事業發展，民國85年9月13日，花東縱谷國家風景區管理處經主管單位核准設置，負責本特定區之規劃建設與經營管理；民國86年5月1日「交通部觀光局花東縱谷國家風景區管理處」於瑞穗泛舟服務中心正式揭牌運作，並於94年1月遷定於瑞穗鄉鶴岡村；民國112年9月15日交通部觀光局改制為交通部觀光署，本處於同日改制更名為「交通部觀光署花東縱谷國家風景區管理處」。
花東縱谷縱貫花、東兩縣，擁有東臺灣特有的自然、人文景觀，及純樸怡人的農村風貌，觀光遊憩資源極為豐富。經相關單位及專家、學者會勘評估後，民國85年5月30日，在維護自然生態與珍貴觀光資源的前提下，行政院核定花東縱谷為國家級風景特定區，成為繼臺灣東北角海岸、東部海岸、大鵬灣及澎湖國家風景區成立之後的第五個國家風景區。
