處長
副處長
秘書
技正
企劃科
工務科
管理科
遊憩科
秘書室
人事室
主計室
琉球管理站
大鵬灣國家風景區管理處組織編制為處長、副處長、秘書、技正,之下設企劃、遊憩、工務、管理等四科;秘書、人事、主計三室及琉球管理站。全處編制員額為27人,目前預算員額25人。