日月潭國家風景特定區係奉行政院以88年12月29日台八十八交字第47005號函核定劃設，及交通部88年12月31日交路八十八(一)字第067507號函公告「日月潭國家風景特定區」經營管理範圍，合計面積約9,000公頃：
- 北臨魚池都市計畫界線為界。
- 東至水社大山之山脊線為界。
- 西至水里鄉與中寮鄉之鄉界。
- 南以台二十一省道及水里都市計畫界線為界。
並於89年1月24日成立「日月潭國家風景區管理處」專責日月潭國家風景區之規劃建設與經營管理工作。後依行政院100年10月7日院臺交字第1000058178號函核定調整，及交通部100年12月20日交路(一)字第1000012203號函公告經營管理範圍，以現有日月潭國家級風景區為中心，向北、西及南側擴大，合計面積約1萬8,100公頃：
- 北隅擴大範圍：西以魚池鄉、埔里鎮及國姓鄉界為界，北以埔里鎮南港溪(扣除林班範圍)為界。
- 西隅擴大範圍：北沿清水溪向西側延伸至集集支線北推100公尺為界，而西側以集集鎮與名間鄉界為界，南側以濁水溪河川區域線延伸至原範圍線為界。
- 南隅擴大範圍：東側以信義鄉潭南、地利及雙龍等3村與林班界及濁水溪交界為界，南側以雙龍山及卓棍溪接至水里與信義鄉界為界。
行政院於109年2月14日院臺交字第1090001225號函第2次核定調整，暨交通部109年7月14日交路（一）字第10982003211號公告經營管理範圍，原經營範圍涵括南投縣魚池鄉、水里鄉、信義鄉、埔里鎮及集集鎮等5個鄉鎮，本次調整增加埔里鎮、魚池鄉及水里鄉之部分範圍。由原先約1萬8,100公頃增加至1萬9,100公頃，擴大面積1,000公頃，其中埔里鎮虎頭山及周邊地區增加570公頃、魚池鄉東光大林地區增加410公頃、水里火車站地區增加20公頃。
