一、成立時經管範圍：
依據交通部81年4月13日以交路（81）字第10941號函公
告劃定經管範圍總計85,603公頃：
(一)陸域：澎湖縣轄內之除原有及擬擴大馬公都市計畫區面積約1,630公頃，馬公鎖港地區都市計畫區面積約130公頃，白沙通樑地區都市計畫區面積約53公頃等3處合計約1,813公頃外，其餘非都市土地及3處特定區都市計畫（即林投風景特定區計畫、西台古堡古蹟特定區計畫區及二崁傳統聚落特定區計畫）全部劃入，計約10,873公頃。
(二)海域：以澎湖縣轄20公尺等深線內之海域劃入經管範圍，計約74,730 公頃。
二、調整後經管範圍：
因應103年澎湖南方四島國家公園計畫之核定與104年澎湖縣擴大馬公都市計畫範圍的調整，通盤檢討經營管理範圍。依據行政院105年12月1日院臺交字第1050044179號函核定調整後之「澎湖國家風景特定區」
經營管理範圍，劃入陸域面積453公頃；劃出海域12,484公頃、陸域370公頃，調整後經管範圍總計約73,202公頃（即陸域面積11,004公頃、海域面積62,198公頃），如附圖。
