交通部觀光局於民國79年開始著手勘查澎湖地區,確立其國家風景特定區之潛力,80年2月成立「澎湖風景特定區管理籌備處」,且為配合臺灣南部區域計畫,以民國90年為計畫目標年,研擬「澎湖觀光發展計畫」,嗣於81年2月20日奉行政院台(81)交字第06161號函核定在案,據以推動「澎湖風景特定區觀光遊憩建設計畫」。
依據81年4月13日交通部交路(81)字第10941號函,正式劃定公告澎湖國家風景特定區經營管理範圍,並於84年7月正式成立「澎湖國家風景區管理處」(以下簡稱澎管處),執行及風景特定區內相關事業之管理監督,期有效利用資源,促使澎湖地區經濟再發展,提昇產業附加價值,疏解國內旅遊需求,以「建設澎湖為國際級觀光休閒之海上渡假公園」為整體發展總目標。