交通部觀光局於民國79年開始著手勘查澎湖地區，確立其國家風景特定區之潛力，80年2月成立「澎湖風景特定區管理籌備處」，且為配合臺灣南部區域計畫，以民國90年為計畫目標年，研擬「澎湖觀光發展計畫」，嗣於81年2月20日奉行政院台（81）交字第06161號函核定在案，據以推動「澎湖風景特定區觀光遊憩建設計畫」。
依據81年4月13日交通部交路（81）字第10941號函，正式劃定公告澎湖國家風景特定區經營管理範圍，並於84年7月正式成立「澎湖國家風景區管理處」（以下簡稱澎管處），執行及風景特定區內相關事業之管理監督，期有效利用資源，促使澎湖地區經濟再發展，提昇產業附加價值，疏解國內旅遊需求，以「建設澎湖為國際級觀光休閒之海上渡假公園」為整體發展總目標。